Time Machineで完全バックアップが取れていないことに気付く

 OS X Mavericksを試してみたいと思い、Parallels desktop環境を7→9にVersion upしてみたりする流れで、いよいよ古いほうのMacBook Airは処分してもいいかな、という気持ちになって買い取ってもらました。
 また、春以降の海外赴任に備え、pcデータのバックアップ関係を整理しておこうと思い、現在Time Capsuleで運用していたTime Machineに、もう1台、海外に連れて行く心づもりの外付けHDDを用意して、あわせてバックアップ運用することにしました。

 Parallelsはダウンロード版を買う価格的なメリットが全く無いこともあり、また、メディアを手元においておきたかったのでパッケージのアップグレード用を購入。 HDDはトランセンドのやつを買ってみました。USB3.0早くて快適。
 もともとWindowsを使っていたこともあり、古くからのデータは手動でバックアップしており、未整理の古いデータも含め、いくつかのHDDや実機に同じファイルを保存してあるのですが、その現状を確認と、差分にあたる最近の運用分のもろもろを確認。メールに関してはすべてのアカウントのメールをgmailに集めてIMAP運用しているので、gmailがダウンしない限り大丈夫なんですが、定期的に外部ローカルメディアにもバックアップ。Dropbox運用分のファイルも同様。
 Mac独自の形式で差分を勝手に落としてくれるTime Machine機能は非常に重宝しているのですが、幸いいまだにバックアップを遡らなければならない事態には陥ってません。MacBook Airを買い替えた時は、実機からの移行アシスタント利用だったため、Time Machineからのシステム移行復元は行ってません。だからこそ今回の事態に全く気付いてなかったのですが…
 何の気なしにTime Machineのバックアップファイルの中身を確認していると、システム、アプリケーション、ライブラリのフォルダが全くバックアップされていませんでした。同様の現象に困っている方もいらっしゃったようで、Apple サポートコミュニティにもいくつかの書き込みを確認しました。

Time Machineで一部しかバックアップされない

https://discussionsjapan.apple.com/thread/10121912?start=0&tstart=0

TimeMachine システムがバックアップされない

https://discussionsjapan.apple.com/message/100724944#100724944
 また、

OS X Mavericks: バックアップからのシステムファイルの除外について

http://support.apple.com/kb/PH14186?viewlocale=ja_JP

Time Machine バックアップから OS X システムファイルおよびアプリケーションを除外できます。

こんな項目もあったのですが、そもそも除外した記憶も無いし、除外しない方法についての記載にたどりつけませんでした。

ローカルスナップショット停止時のTimeMachineバックアップ対象フォルダについて

https://discussionsjapan.apple.com/message/100712718#100712718#100712718

先日,OnyXの各種設定>その他>Time Machineローカルバックアップ>停止 を実施したところ,
この設定以降,ルート直下のライブラリフォルダやシステム直下のライブラリフォルダが,
バックアップされていない事に気づきました。
また,OnyXの各種設定>その他>Time Machineローカルバックアップ>開始 を実施し,
すぐに手動でTimeMachineの「今すぐバックアップを作成」を実施しましたが,
ルート直下のライブラリフォルダやシステムフォルダは,バックアップされませんでした。

上記の方の場合は、OnyXを使ったあとの不具合とのことでしたが、僕はOnyXは未使用、システム以外にバックアップ除外項目を指定したことも無く、全く見に覚えの無い状態でした。また、いつからシステムがバックアップされていないのかもよくわからず、少なくとも辿ることのできる最古のバックアップに至るまで、システムが除外されておりました。
 ネットでの情報を頼りにcom.apple.TimeMachine.plistを削除しての再起動なども試みたのですがうまくいかず(ちなみにファイルの場所は/Library/Preferences/com.apple.TimeMachine.plist)、

TimeMachine、完全バックアップがとれないトラブル

http://memo-no-memo.cocolog-nifty.com/blog/2013/09/timemachineosx-.html
http://memo-no-memo.cocolog-nifty.com/blog/2013/10/timemachine-fbc.html
このあたりを参考に、ターミナルから sudo で XCode.app/の中の "XCode本体"を起動し、

sudo /Applications/Xcode.app/Contents/MacOS/Xcode /Library/Preferences/com.apple.TimeMachine.plist

com.apple.TimeMachine.plistのなかで勝手にExcludeByPathに指定されてしまう部分を消去するなどの方法を試したのですが、なかなかうまく行かず、最終的に、

Time Machine環境設定から「ディスクを削除」
→com.apple.TimeMachine.plistの消去
(ファイルはMacintosh HDからライブラリ→Preferencesと進んだフォルダ内)
→再起動
→Time Machine環境設定から「バックアップディスクを追加」

の流れで無事システム、アプリケーション、ライブラリまで含んだバックアップを行うことが可能でした。バックアップHDDの中身を消して再セットアップするだけではうまくいかず、Time Machine環境設定から「ディスクを削除」を選択するという操作が重要だったようですが、ずっとこれを失念しておりました。
 こういう状態になってしまった原因がいまだに不可解なままですが、先ほどのサイトの情報から、

Time Machine - Troubleshooting D10. Applications, Library, and/or System folders not backed-up, or, periodic large backups

http://pondini.org/TM/D10.html

There's a problem for a few users on Mountain Lion 10.8 only that causes some or all the top-level Applications, Library, and System folders (plus some hidden system folders) to be skipped in error. This seems to affect only users with certain extra apps, mostly or entirely 3rd-party apps.

という記載にたどり着きます。同じようなトラブルで困っている人がいるんだな、という状況の確認はできましたが、いずれにせよなんだかよく分からなくて、無駄な時間を使ってしまいました。皆様もトラブル時に泣く前に、是非Time Machineのチェックを。そしてもしシステム等がバックアップされていないようでしたら紹介した方法を試してみて頂ければと存じます。